北京大学是谁的大学？
从1898年戊戌政变之后，中国政局发生了很大的变化，康梁流亡海外，政治上失势，而张之洞、袁世凯、荣禄一派成为执政者。在教育上，张之洞一派也取得了决定性胜利，梁启超所说的“中国旧法，固有未能并存兼爱之处，然亦自有绵宏古茂不可尽废之典，”成为新政的主调。张之洞以湖广总督的身份主持新教育，他所管辖下的湖北、湖南两省率先建立起一整套的从上到下的新教育制度：由位于中央的两湖总师范（即高等师范）统率；两湖总师范之下是两个中学堂以及师范、政法、农、工、商、医、军、警、女子等各种实业学校和军事学堂，这些学堂之下又分初等小学堂和高等小学堂。这些学堂大多集中于省城武汉，湖南新式学堂多集中在长沙。
与此相配合的是，湖北、湖南两省在兴学过程中，相继将许多书院改为学校；如两湖书院、经心、明德、求实、周南、思贤、养正、船山、衡阳、岳麓、城南、算学、矿务、育才、经正诸书院等，两湖书院改名为两湖总师范学堂，成为武汉地区兴办新学的基地。
1899年，张之洞在梁启超于《清议报》上发表了《学制议》之后，上奏朝廷请求开办学务，请求在两湖地区建立全国“办学之区”。在奏折中，张之洞说；“欲兴京师大学堂，必须先兴各省之高等学堂，而高等学堂必待各地小学之人才充足。”为此，张之洞在湖北、湖南两省兴办新式学堂，1902年底，张之洞将原京师同文馆的一部分与广方言馆合并，创办“京师大学堂师范馆”(即国立北京高等师范学校)，设在西安门内北沟沿，校舍就是原来的广方言馆旧址。
1902年冬，张之洞、袁世凯等上《请奏遵旨妥定学堂章程折》，提出了一个自成系统的全国性学制，并附有《各级学堂管理通则章程》（包括大学堂和高等中学堂），以及从初等小学堂到大学堂的分科教法细则。这就是我国最早的一套全国性的学制系统，历史上称为“壬寅学制”。这是全国新学制的先声，它不仅在教育规划上为新教育的全面推行铺平了道路，而且在政治上也使变法图存的运动获得了一个新的生长点，它的积极意义是不可低估的。
京师大学堂在兴办学务的进程中也获得较快的发展。从1900年9月到1903年秋，京师大学堂共收新生300余人，学生来源日益扩大而不仅仅是举人、贡士，而且有四分之一来自新式学堂，而且京师大学堂还开始设立预备科。与此同时，经管预科的通儒院以及教习馆，也获得新发展而不再只是旧式“考课之场”。
1903年7月，张之洞与袁世凯又上《奏定学堂章程》，史称“癸卯学制”，“癸卯学制”为“壬寅学制”的修订本，1904年1月开始实行。尽管这个学制更多地保留了封建教育的纲常名教的内容，受到许多进步人士的批评，如严复就认为它不能贯彻”中西并用“精神，而且”于学堂课程，限定太死，俾无回旋余地“，但由于这个学制比较完整，便于操作，因此它所规定的学制系统，被陆续在全国各地推行。
1904年，清廷特任命张百熙为修订法律大臣，主持修《大清国学律》，制定与新学制相配合的教育法律。随着整个国家新学制的全面实行，京师大学堂也进入了一个新的飞跃发展阶段，学校办学目的、内容、体制和内部管理都发生了革命性的变化。从1904年到1906年，相继成立了文学、格致、政法、道艺、医学五科，1901年毕业的第一批学生共320名，1904年毕业的第二批学生共390名。随着科、门、斋的陆续成立和管理系统的完善，到1906年共招七批新生，计1161名。从1904年起，京师大学堂开始独立建制，不再作为总管全国学堂的机构，原来兼管大学堂和全国学堂事务的管学大臣，也分为两任，清廷分别任命荣庆为学部尚书——国家最高教育行政长官，管理全国学堂，任命张百熙为专管京师大学堂（含优级师范、速成班）事务。
“癸卯学制”和《大清国学堂令》在全国各地普遍推行以后，新式学堂在全国各地广泛创立并逐渐发展起来。1905年，清政府明令废科举兴学校，至此科举制寿终就寝；同年又颁布了中国第一个留学法令《派遣留学生章程》，正式决定选派留学生。从此，新式学堂与留学生教育，成为中国教育体系中的两件大事。
随着整个国家新学制的全面和深入推行以及废科举、兴学堂令的公布，京师大学堂进入了新的跨越式发展阶段。从1904年到1907年，除医学堂在内城西什库外，其他各科校址都先后迁到“菜市口向南三里许，天坛向北三里许”的南铁子角新校址。新校工字楼1906年12月落成后，文学、格致、道艺三科相继迁入，1907年格致、道艺二斋正式合二为一，成立工科。这样，京师大学堂共有经、法、文、格致、农、工、商、医等科。从此，京师大学堂开始成为一个真正合于现代意义的大学的规模。
京师大学堂经过1898年、1900年、1902年、1904年、1905年、1906年等数次整顿、革新，到1907年春，已形成了较为完备的学校体制。全校有8科及一个大学预备科，共23学门，60斋，学生达2800多人。学校还拥有图书、博物、矿务、工业、化学、医学等10多个藏馆。京师大学堂成为当时全国最大的新式学校，1907年京师大学堂所定章程，是我国最早的一部大学的学校章程，它使京师大学堂成为一所以大学本科和高等专业教育为主的综合性大学。